در میان فلاسفه درباره نفس انسان دو نظریه عمده، معروف بود: یکی نظریه افلاطونی روح و نفس که وجود نفس را قدیم و روحانی و مقدم بر آفرینش جسم می دانست (تیمائوس).
دوم نظریه مشائین که ابن سینا آنرا بخوبی تقریر کرده و آن حدوث غیرجسمانی نفس همراه حدوث و آفرینش جسمانی بدن است. ملاصدرا در این مسئله نظریه ای جدید ابداع کرد. وی اثبات نمود که اگرچه نفس انسان، در نهایت و با سیر تکاملی خاص خود، غیر مادی می شود ولی در آغاز آفرینش، جسمانی است و از جسم و بدن زاییده می گردد.
بعقیده ملاصدرا نفس انسان، نخست در مرتبه جمادی است و سپس با خروج از مرحله جمادی به حالت جنینی و در مرحله نباتی (نفس نباتی) قرار می گیرد و پس از آن به مرحله حیوانی (نفس حیوانی) وارد می شود و در دوره بلوغ حقیقی خود به مرحله نفس انسانی می رسد و «نفس ناطقه» می گردد. پس از این مرحله نیز می تواند با کوشش و تمرین و تربیت روحی و عقلی خود، به بلوغ انسانی برسد (که نام آنرا نفس قدسی و عقل بالفعل می گذارد) و کمتر کسی توان رسیدن به این مرحله را دارد.
تمام این مراحل درواقع سیر در یک مسیر و خروج از قوه به فعلیت می باشد. هر مرحله بعدی برای مرحله قبلی امری بالقوه و طی درجات اشتدادی و از ضعف به قوت رفتن است; ولی مجموعه این نقاط یک خط را ترسیم می کنند که به آن «حیات انسانی» و «خط تکامل» می گوییم و بر اساس قاعده وجود مشکک و حرکت جوهری انجام می گیرد.
مهم است که بدانیم دخول در هر مرحله نه فقط بمعنای فاصله گرفتن از مرحله قبل نیست بلکه همواره، هر مرحله بالاتر جامع و شامل مراحل ضعیفتر قبل از خود نیز می باشد و قاعده آنستکه هر وجود قوی ـ بر اساس مشکِّک بودن وجود ـ شامل همه مراتب وجودی ضعیفتر قبل از خود می باشد.
وی کسانی همچون مشائین را ملامت می کند، که نفس را جوهری ایستا می دانند که از اول تا آخر زندگی در یک حالت است و حرکت جوهری ندارد، و بالطبع با کسانی ـ مانند دکارت ـ که میان نفس و بدن جدایی مطلق قائلند نیز مخالف است.
ملاصدرا نیز مانند دیگر فلاسفه مسلمان معتقد به تجرد (غیرمادی بودن) نفس است اما نه بصورتی که مکاتب پیش از او می گفتند. بنظر وی تجرد نفس، تدریجی و ناشی از سیر صعودی و تکاملی آن ـ و باصطلاح خود او: با حرکت جوهری ـ است. حرکت جوهری در بدن به پیری و فنای آن منتهی می شود ولی حرکت در نفس، حرکتی رو بسوی عقلانیت است و روزبروز قویتر و فعالتر می گردد. نفس تکامل یافته پس از جدا شدن از بدن و رفع نیاز از آن، نهایتاً به «عقل مجرد» بدل می گردد و در فضایی بهتر از فضای مادی به زندگی می پردازد.
نفس شناسی فلسفی ملاصدرا بر اصول دیگر فلسفه او بنا شده است که عیناً دلایل اثبات این نظریه هم شمرده می شوند باینصورت: 1 ـ جوهر مادی بطور طبیعی حرکت تکاملی دارد و طبیعت ـ برخلاف نظر مشائین ـ ایستا نیست بلکه حرکت جوهری دینامیسم آن است.
2ـ هدف غایی آفرینش هر موجود در آن موجود استعدادهایی را می گذارد که باید با حرکت جوهری آن بروز کند. گرچه بدن و نفس هر دو در ماده جسم او قرار دارند ولی اختلاف اهداف غایی و غرض نهایی در ایندو، دوگونه استعداد در آنها گذاشته و این امری عادی است، زیرا می بینید که نبات و حیوان هر دو از ماده بوجود می آیند ولی یکی دارای نفس حیوانی می شود و دیگری نبات باقی می ماند.
3ـ نفس انسان همان «من» و «خود» اوست و علی رغم اختلاف تدریجی نفس و بدن، «خود» یا «من» انسان قابل تجزیه نیست و ترکیب جسم و بدن بصورت اتحاد است نه انضمام و ترکیب خارجی.
4ـ گرچه بدن از ماده و اجزاء بسیاری ترکیب شده ولی نفس و من انسانی او بسیط و غیر قابل تجزیه و تقسیم است و براساس قاعده دیگر فلسفی که می گوید «بسیط الحقیقة کل الأشیاء»، تمام آثار درونی و خارجی و افعال و انفعالات انسان متعلق به خود و نفس اوست و از وحدت او سرچشمه می گیرد. «النفس فی وحدتها کل القوی»، (نفس در عین وحدت و بساطت، همه قوای خود نیز هست).
5 ـ نفس با آنکه مجرد و مستقل است ولی برای ادراکات خود، عملاً نیازمند حواس پنجگانه و مغز و اعصاب است و برای افعال بدنی خود نیز به اندامهای مربوطه نیاز دارد. همه اینها ابزارهای نفس و عوامل انفعالات و افعال او می باشند. ملاصدرا نفس را مدیر و نگهبان بدن می داند نه بعکس آن، و می گوید باد کشتی را می برد نه کشتی باد را.
6ـ هر چه نفس در حین حرکت جوهری کاملتر شود نیاز او به بدن کمتر می شود و مرگ طبیعی (نه بر اثر حوادث بلکه) نتیجه جدا شدن اختیاری نفس از بدن و تجرد بالفعل اوست. این تفسیر ملاصدرا از مرگ برخلاف نظریه پزشکی باستان (جالینوس و بقراط) و پزشکی جدید است.
فلاسفه مسلمان برای اثبات تجرد نفس براهینی اقامه نموده اند; از جمله آنکه:
انسان می تواند علاوه بر درک و حس جزئیات، امور و مفاهیم کلی و انتزاعی را درک و تحلیل کند و برای آن احکامی بیابد. تمام امور انتزاعی و کلی، غیر مادی هستند، (زیرا قبلاً ویژگیهای ماده و مادی بودن از آنها سلب شده) و هر شیء غیرمادی رتبتاً بالاتر از ماده است و نمی تواند محتاج به ماده باشد و باید برای خود ظرف و حوزه ای مستقل و غیر مادی دارا باشد که آنرا حمل کند و گرنه مادی خواهد شد.
حوزه مستقلی را که کلیات (ادراکات کلی و انتزاعی انسان) در آن قرار می گیرد، فلاسفه «ذهن» می گویند که باید آنرا جدای از ابزارهای جسمانی و لایه های مغز (Cortex) دانست.
انکار تجرد نفس یا ذهن، نوعی آسانطلبی در پژوهش و تنبلی فلسفی است; زیرا بذل دقت و توجه به دلایل منطقی می تواند ما را به تجرد نفس و ذهن برساند، گرچه برخی گویی حوصله آنرا ندارند.
فلاسفه براهین دیگری نیز اقامه کرده اند که در کتب ملاصدرا و دیگران آمده است.
تجربه هایی مانند حس ششم، تله پاتی، ادراکات بعد از مرگ برای کسانی که دوباره به زندگی برگشته اند، رؤیاهای صادقه و مانند اینها از پدیده های (متاسایکو) و شگفت انگیز غیرعادی که با ساختمان بدن نمی سازند، می توانند اشاره به تجرد نفس باشند.